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== 話題になった出来事 ==
=== 『UTOPIA 最後の世界大戦』の発掘 ===
[[藤子不二雄]]の初期単行本『UTOPIA 最後の世界大戦』は、現存数が極めて少ない幻の本として知られていた。まんだらけはこれを発掘し、100万円という値段をつけて話題になった。当時は[[手塚治虫]]の希少本でも高くて20万〜25万円程度だったとされ、漫画古書が「骨董品」として扱われる時代の到来を象徴する出来事になった。

=== 2014年の「万引き犯画像公開」予告 ===
2014年、中野店で約25万円のブリキ製の『鉄人28号』の人形が盗まれた。まんだらけは防犯カメラの映像をモザイク入りで公式サイトに掲載し、期限までに返却しなければモザイクを外して公開すると予告した。この対応は「私刑ではないか」「脅迫罪に当たる可能性がある」という指摘と、「店として当然の自衛」という支持の両方を呼び、ネット上で大きな議論になった。最終的に警察の要請を受けて公開は中止され、容疑者はその後逮捕された。

=== 法的なトラブル ===
一方で、取り扱い商品や店舗運営をめぐるトラブルもたびたび報じられている。2003年には漫画家の原稿が本人の意に反して販売されていた問題が起き、2018年には梶原一騎原作の『愛と誠』の紛失原画が400万円で売りに出されていたことが報じられた。このほか、古物営業法に関わる本人確認の不備（2015〜2016年）や、アダルト商品を扱う店舗の運営をめぐる行政上の問題（2021年）なども報じられている。漫画の生原稿は「誰の所有物か」があいまいなまま流通してきた経緯があり、古書店が扱う際の線引きは業界全体の課題として議論が続いている。